Extracción de ARN específico de tejido de alta calidad de la madera del plátano de Londres (Platanusacerifolia), lo que permite la creación de una biblioteca de ADNc de la inflorescencia femenina
- El plátano de Londres (PlatanusacerifoliaWilld.) tiene una importancia mundial como árbol paisajístico de la metrópoli y es objeto de propósitos de mejora genética para la esterilidad productiva, la enfermedad y/o la resistencia a los insectos. Las estrategias de análisis molecular son importantes para tales propósitos, sin embargo, pueden verse obstaculizadas por las dificultades específicas encontradas durante el aislamiento del ácido nucleico.
- Se ha llevado a cabo un protocolo de aislamiento y purificación de ARN en profundidad, basado en estrategias de extracción con bromuro de cetiltrimetilamonio (CTAB), mezclado con pasos adicionales de purificación utilizando butanol y el detergente iónico CTAB, que supera estos puntos en toda la especie leñosa P. acerifolia. Brevemente, los compuestos fenólicos son determinados a la polivinilpirrolidona soluble después de lo cual se separan por medio de la precipitación de LiCl del ARN.
- Posteriormente, los contaminantes de proteínas y carbohidratos se erradican mediante la partición con cloroformo adoptada por la precipitación mediada por LiCl. Los siguientes aislamientos de ARN han resultado ser de suficiente calidad para su uso en el análisis de transcripción inversa por PCR.
- Además, los aislados de ARN de las inflorescencias femeninas se han utilizado para la creación de una biblioteca de ADNc. Esta biblioteca se encontró para incorporar bastantes clones de ADNc de longitud completa de los genes MADS-box, en consonancia con la biblioteca de ser consultor de marketing de los perfiles de expresión de la inflorescencia.
| 10 mm Diameter Solid Titanium Tip | |||
| Biologics | |||
| 13 mm Diameter Tapped Titanium Tip | |||
| Biologics | |||
| 13 mm Diameter Solid Titanium Tip | |||
| Biologics | |||
| 19 mm Diameter Tapped Titanium Tip | |||
| Biologics | |||
Análisis del transcriptoma del tejido foliar de Bermudagrass (Cynodondactylon) utilizando una biblioteca de cDNA normalizada
Se construyó una biblioteca de ADNc normalizada a partir de Bermudagrass para obtener nociones sobre el transcriptoma de Cynodondactylon L. Un total de 15 588 etiquetas de secuencias expresadas (EST) de alta calidad de la biblioteca de ADNc se han sometido a los dispositivos de agrupación de los Índices Genéticos del Instituto de Evaluación Genómica para proporcionar un conjunto de unigenes.
Un total de 9414 unigenes se han obtenido a partir de las EST de alta calidad y sólo el 39,6% de las EST de alta calidad han sido redundantes, lo que indica que el curso de normalización fue amigable con el medio ambiente. Se llevó a cabo un análisis genómico comparativo a gran escala de los unigenes utilizando dispositivos disponibles públicamente, rindiendo homenaje a BLAST, InterProScan y Gene Ontology. Los unigenes han sido además sometidos a una búsqueda de repeticiones de secuencias simples derivadas de EST (EST-SSRs) y de cebadores de exploración de intrones conservados (CISPs), que pueden ser útiles como marcadores de ADN.
| 10 mm Diameter Solid Titanium Tip | |
| 0-120-0009 | Biologics |
| 13 mm Diameter Tapped Titanium Tip | |
| 0-120-0010 | Biologics |
| 13 mm Diameter Solid Titanium Tip | |
| 0-120-0011 | Biologics |
| 19 mm Diameter Tapped Titanium Tip | |
| 0-120-0012 | Biologics |
Aunque los candidatos EST-SSRs y CISPs encontrados a lo largo de la presente mirada deben ser examinados empíricamente, se prevé que sean útiles como marcadores de ADN para un montón de características, junto con el análisis genómico comparativo de las especies de hierba, en beneficio de sus similitudes muy importantes a las secuencias EST de hierbas completamente diferentes. Por lo tanto, el conocimiento de las EST de Cynodon potenciará la evaluación de los céspedes al proporcionar homólogos para los genes que se cree que confieren opciones muy importantes en numerosos cultivos.
| 10 mm Diameter Solid Titanium Tip | |
| 0-120-0009 | Biologics |
| 13 mm Diameter Tapped Titanium Tip | |
| 0-120-0010 | Biologics |
| 13 mm Diameter Solid Titanium Tip | |
| 0-120-0011 | Biologics |
| 19 mm Diameter Tapped Titanium Tip | |
| 0-120-0012 | Biologics |
| 19 mm Diameter Solid Titanium Tip | |
| 0-120-0013 | Biologics |
La secuenciación de ADNc de lectura prolongada permite una anotación de transcripción “similar a la de los genes” de los elementos transponibles
Las anotaciones de genes basadas en la transcripción facilitan todos los análisis de todo el genoma y la evaluación detallada de un solo locus. En cambio, las anotaciones de elementos transponibles (TE) son rudimentarias y consisten únicamente en datos sobre la ubicación y el tipo de TE. La repetitividad y la anotación restringida de TEs impide la facilidad para informar a un lado entre los elementos expresados sin duda útil y copias degradadas.
Para reforzar la bioinformática de TE en todo el genoma, llevamos a cabo la secuenciación de lectura larga de cDNAs de Arabidopsis thaliana cepas pobres en bastantes capas de represión de TE. Estas transcripciones de mapeo único se han utilizado para determinar el conjunto de TEs capaz de generar polyadenylated RNAs y crear un modelo nuevo basado en la transcripción de la anotación de TEs que ahora hemos capas sobre la actual alta calidad de barrio regular anotación.
| Rat Cholesterol ELISA ELISA | |
| E01A11128 | BlueGene |
| Goat Cholesterol ELISA ELISA | |
| E01A46041 | BlueGene |
Usamos esta anotación para cortar de nuevo la complejidad bioinformática asociada a las lecturas de mapeo múltiple de los experimentos de ARN-seq de lectura corta, y actualizamos que esta mejora se expande en un genoma rico en TE que rinde homenaje al maíz. Nuestra anotación de TE, además, permite la comprobación de las hipótesis específicas de pie a través de la auto-disciplina TE.
Mostramos que el empalme incorrecto de TE no desencadenaría la fabricación de ARN pequeños, y la célula además se dirige fuertemente a la metilación del ADN a TEs que tienen el potencial de hacer mRNAs. Este trabajo proporciona un modelo de anotación de TEs basado en la transcripción para Arabidopsis y el maíz, que sirve como un modelo para cortar de nuevo la complejidad bioinformática asociada a TEs repetitivos en cualquier organismo.
Identificación de Avramr1 de Phytophthora infestans mediante aprendizaje prolongado y secuenciación de ADNc de patógenos (PenSeq)
El tizón tardío de la patata, provocado por el patógeno oomiceto Phytophthora infestans, dificulta considerablemente la producción de patatas. No hace mucho, se clonó un nuevo gen de resistencia a Phytophthora infestans (Rpi), Rpi-amr1, a partir de una especie silvestre de Solanum, Solanum americanum. La identificación de los correspondientes genes efectores reconocidos (Avirulence o Avr) de P. infestans es esencial para dilucidar su variación de secuencia natural, que a su vez informa de la robustez potencial de la resistencia al tizón tardío correspondiente. Para establecer el efector de P. infestans reconocido por Rpi-amr1, examinamos las bibliotecas de efectores RXLR accesibles y utilizamos el aprendizaje prolongado y la secuenciación de enriquecimiento de patógenos de ADNc (PenSeq) en 4 aislados de P. infestans para descubrir los efectores no probados.
Utilizando la secuenciación en tiempo real de una sola molécula (SMRT) y la PenSeq de ADNc, reconocimos 47 efectores extremadamente expresados de P. infestans, junto con PITG_07569, que desencadena una respuesta de pérdida de vida celular extremadamente particular cuando se coexpresa transitoriamente con Rpi-amr1 en Nicotiana benthamiana, lo que sugiere que PITG_07569 es Avramr1.
Aquí mostramos que el aprendizaje prolongado y el cDNA PenSeq permiten la identificación de las familias efectoras de RXLR de longitud completa y su perfil de expresión. Esta investigación ha revelado conocimientos clave en la evolución y el polimorfismo de un elegante RXLR efector de la familia que está relacionada con la popularidad de Rpi-amr1.
| Rat Cholesterol ELISA ELISA | |
| E01A11128 | BlueGene |
| Goat Cholesterol ELISA ELISA | |
| E01A46041 | BlueGene |
| Mouse Cholesterol ELISA ELISA | |
| E01A19869 | BlueGene |
| Human Cholesterol ELISA ELISA | |
| E01A2368 | BlueGene |
| Sheep Cholesterol ELISA ELISA | |
| E01A98335 | BlueGene |
Un genosensor revolucionario para la monitorización de la secuencia de Leishmania spp utilizando la unión del pDNA al cDNA basado principalmente en Cit-AgNPs
La leishmaniasis se considera probablemente la enfermedad más esencial con tendencia a la epidemia, según el Grupo Mundial de la Salud. El diagnóstico precoz y el remedio de la infección por Leishmania es un gran problema, ya que no presenta síntomas y es resistente a la medicación. Por lo tanto, hay una necesidad urgente de una detección delicada y exacta de este patógeno.
En esta investigación, se ha desarrollado una nueva metodología para la biodetección óptica de la secuencia de Leishmania spp, basada principalmente en la hibridación de nanopartículas de Ag recubiertas de citrato y unidas a una sonda de ADN monocatenario de Leishmania spp.
| MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit | |||
| Bioingentech | |||
| MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit | |||
| Bioingentech | |||
| PCR Mix | |||
| Biochain | |||
| PCR-EZ D-PCR MASTER MIX | |||
| Bio Basic | |||
| MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit | |||
| Bioingentech | |||
La agregación de las nanopartículas de Ag recubiertas de citrato dentro de la existencia o ausencia de una secuencia de ADNc de Leishmania, desencadenó una llamativa y apreciable alteración vital dentro de la UV-vis. La baja restricción de cuantificación (LLOQ) obtenida se alcanzó como 1ZM. Basado principalmente en los extremos experimentales en situaciones óptimas, se llevó a cabo un rápido bioanálisis de la secuencia de Leishmania spp (2 min). Por lo tanto, esta sonda puede ser utilizada para el análisis médico de este patógeno y una enfermedad de infección.
Sources :